Prokuratura oskarżyła Ryszarda Boguckiego o obserwowanie miejsca zabójstwa Marka Papały i nieskuteczne podżeganie w 1998 r. Zbigniewa G. do zabicia generała. Andrzej Z. także był oskarżony o podżeganie do zabójstwa byłego szefa Policji. Nakłanianym był jednak płatny zabójca, nieżyjący od 2010 r. Artur Z. ps. Iwan, któremu „Słowik” miał zaoferować 40 tys. dolarów.
Prokuratura wnosiła o 15 lat więzienia dla Boguckiego i o 8 lat dla Andrzeja Z. Obrońcy i sami podsądni wnosili o uniewinnienie.

Zdaniem sądu dowody przedstawione przez prokuraturę okazały się kruche i nie łączyły się w mocny łańcuch przyczynowo-skutkowy. Ponadto nie potrafiła ona przekonująco wskazać motywu. Zarzucił też prokuraturze brak umiejętności współpracy między sobą oraz błędy popełnione w trakcie śledztwa. Zdaniem sądu analiza zeznań Artura Z. ps. Iwan wskazuje, że to on powinien usłyszeć zarzut podżegania do zabójstwa generała, a nie zeznawać w tej sprawie jako świadek. Jego zeznania jako świadka w ocenie Sądu były sprzeczne i tym samym niewiarygodne.

Generał Marek Papała został zastrzelony 25 czerwca 1998 r. w samochodzie przed blokiem, w którym mieszkał. Sprawę prowadziła najpierw Prokuratura Apelacyjna w Warszawie. W 2009 r. śledztwo przekazano do Łodzi. Ostatnio przedłużono je do końca października 2013 r.